Wcześniej, na początku lipca 1943 aresztowano go – wraz z mieszkańcami okolicznych wiosek – podczas łapanki zorganizowanej przez Niemców. Był przetrzymywany w Budzyniu oraz Lublinie, na wolność wyszedł po ok. trzech tygodniach. Natomiast w dniu 2 lutego 1944 roku przeżył pacyfikację wsi Borów, Łążek Zaklikowski, Wólka Szczecka i Szczecyn, w której zginął m.in. proboszcz borowskiej parafii ks. Stanisław Skulimowski. Ks. Stańczak zamieszkał wówczas we wsi Janiszów, gdzie odprawiał msze w tamtejszej remizie. Zagrożony aresztowaniem, musiał opuścić teren parafii. Powrócił w lipcu 1944 roku, po wyparciu Niemców z tych terenów przez oddziały Armii Czerwonej.
W styczniu 1945 roku powrócił do Borowa, gdzie wraz z parafianami rozpoczął starania o odnowienie kościoła. W dniu 5 grudnia 1952 roku został aresztowany przez funkcjonariuszy Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa w Lublinie. Był oskarżony w procesie „morderców z Borowa”, który toczył się od 28 października do 5 listopada 1953 roku przed Sądem Wojewódzkim w Lublinie. Wraz z ks. Stańczakiem na ławie oskarżonych zasiedli członkowie NSZ: por. Kazimierz Wybranowski, Leon Cybulski, Ryszard Ławraszczuk i Jan Wtykło. Został on skazany na 6 lat więzienia oraz utratę praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na 4 lata.