W sprawie jego zwolnienia z więzienia w 1955 roku interweniowali: bp Piotr Kałwa i kanclerz Kurii Diecezjalnej w Lublinie Piotr Stopniak. Interwencje te odniosły skutek, ponieważ w listopadzie 1955 roku, ze względu na stan zdrowia, ks. Stańczak wyszedł na wolność. Po zwolnieniu przebywał jako rezydent w parafii św. Jana Nepomucena i Matki Bożej Szkaplerznej we Frampolu (1955–1956). Od listopada 1956 roku został administratorem parafii św. Katarzyny w Czernięcinie, a od 1957 roku administrował parafią św. Michała Archanioła w Soli k. Biłgoraja. Wówczas to był czterokrotnie karany grzywną (od 500 do 1550 zł) przez Komendę Powiatową Milicji Obywatelskiej w Biłgoraju, m.in. za nielegalną zbiórkę pieniędzy i materiałów budowlanych na odbudowę i elektryfikację budynków parafialnych oraz kościoła oraz za zorganizowanie nielegalnego zgromadzenia. Służba Bezpieczeństwa inwigilowała również jego korespondencję z bratem, ks. Witoldem Stańczakiem, proboszczem parafii św. Jana Chrzciciela w Szczecinie.
Zmarł w szpitalu w Biłgoraju. Pierwotnie został pochowany na cmentarzu parafialnym w Soli. W latach 90.