Arsenal FC mały|Jakub Kiwior podczas meczu Premier League z Newcastle United na St James’ Park (2023) 23 stycznia 2023 za 25 mln euro Kiwior został piłkarzem Arsenalu FC. Podpisał z angielskim zespołem pięcioipółletni kontrakt, jako czwarty Polak w historii klubu, a kwota transferu uczyniła go piątym najdroższym polskim piłkarzem w historii i najdrożej sprzedanym graczem w historii Spezii. 9 marca 2023 zadebiutował rozgrywając 71 minut w zremisowanym 2:2 meczu 1/8 finału Ligi Europy UEFA ze Sportingiem CP. 19 marca 2023 w meczu z Crystal Palace FC (4:1) zadebiutował w Premier League, zmieniając w 86. minucie gry Gabriela Magalhãesa. 28 maja 2023 w meczu 38. kolejki Premier League z Wolverhampton Wanderers FC (5:0) zdobył swoją pierwszą bramkę dla Arsenalu.
W lipcu 2023 podczas przedsezonowego tournée w Stanach Zjednoczonych wystąpił w meczu MLS All-Star Game, wygranym przez jego drużynę 5:0. 6 sierpnia 2023 zdobył z Arsenalem Tarczę Wspólnoty, choć nie wystąpił w wygranym po konkursie rzutów karnych spotkaniu z Manchesterem City (1:1, k. 4:1). 24 października 2023 w meczu fazy grupowej z Sevillą FC (2:1) zadebiutował w rozgrywkach Ligi Mistrzów UEFA.