Rozprzestrzenienie thumb|XVIII-wieczny obraz przedstawiający obszar miejski wokół Grand Harbour, który był terenem najbardziej dotkniętym epidemią z lat 1675–76 W dniu 10 stycznia 1676 roku zmarł Giacchino, 2-letni brat pierwszej ofiary, a niewolnica w ich gospodarstwie domowym wkrótce potem zachorowała, ale była w stanie wyzdrowieć. Przyczyna tych zgonów nadal nie została zidentyfikowana, nawet gdy inny członek rodziny, 7-letnia Teresa, zmarła 13 stycznia z powodu podobnych objawów. Członkowie rodziny Agius, krewni Bonnicich również zachorowali i zmarli, co wywołało alarm, a władze zamknęły domy ofiar. Matteo Bonnici również zachorował i zmarł 25 stycznia.
Kolejne przypadki pojawiły się w ciągu kilku następnych dni, a 28 stycznia służby zdrowia odbyły tajne spotkanie i doszły do wniosku, że choroba ta to prawdopodobnie dżuma. Próby powstrzymania epidemii rozpoczęły się natychmiast i wszystkie podejrzane przypadki zostały odizolowane, ale choroba nadal szybko się rozprzestrzeniała. Niektórzy ludzie ulegli panice i opuścili miasta przenosząc się na wieś, opuścili wyspę lub zamknęli się w swoich domach, ale wielu innych wykonywało nadal codzienne czynności, przyczyniając się do rozprzestrzeniania choroby.