Epidemia Pochodzenie Epidemia rozpoczęła się w stolicy Valletcie 24 grudnia 1675. Anna Bonnici, 11-letnia córka kupca Matteo Bonniciego zachorowała, pokazały się krwawe wybroczyny i powiększone węzły chłonne. Została zbadana przez lekarza Giacomo Cassię, który poinformował głównego lekarza Domenico Sciberrasa o przypadku, ale nie zidentyfikowali oni choroby jako dżumy. Dziewczynka zmarła 28 grudnia.
Źródło choroby nie jest pewne. W tamtym czasie pojawiły się informacje, że zaraza przybyła z eskadry angielskich statków, która walczyła z piratami berberyjskimi, które odwiedzały Maltę wiele razy w latach 1675–76 przed epidemią i w jej trakcie. Jest bardziej prawdopodobne, że choroba dotarła z zarażonymi szczurami wraz z jakimś towarem. Ġan Franġisk Bonamico, który przeżył zarazę, napisał, że zaraza dotarła na wyspę w ładunku tekstyliów z Tripolisu, który został dostarczony do kupca Bonniciego.