Kaplica zastąpiła wcześniejszą zniszczoną. Początkowe środki mające na celu powstrzymanie epidemii były nieskuteczne, głównie z powodu braku porozumienia, czy choroba jest faktycznie dżumą.
28 stycznia 1676 r., czterech Rycerzy Wielkiego Krzyża Zakonu św. Jana zostało mianowanych Komisarzami Zarazy i otrzymało nieograniczone uprawnienia do ochrony Zakonu i społeczeństwa przed chorobą. Dwóch hrabiów i kilku urzędników zdrowia publicznego było również odpowiedzialnych za radzenie sobie z epidemią i wykonywanie rozkazów wydanych im przez czterech komisarzy. Wszystkie podejrzane przypadki zostały przekazane do Lazzaretto na Isolotto, większość z tych osób zmarła wkrótce potem.
Kilku urzędników służby zdrowia zaraziło się chorobą i zmarło, a wraz z rozprzestrzenianiem się epidemii podwoiła się liczba urzędników i otwarto więcej szpitali izolacyjnych. Surowe kary, w tym kara śmierci, zostały nałożone na osoby, które nie zgłaszały przypadków do władz, na przykład powieszono trzech mężczyzn. Podczas epidemii niektórych, którzy ukradli rzeczy z domów należących do zmarłych również powieszono.