W dniu 26 lutego wielki mistrz Nicolas Cotoner spotkał się z komisją i zdecydowali o zaostrzeniu środków zaradczych. Od 24 marca ograniczona została możliwość przemieszczania się, a wszystkie osoby podejrzane o zarażenie zostały odizolowane. Mieszkańcom części Valletty o wysokim wskaźniku infekcji, w tym Manderaggio, Arċipierku i French Street, zabroniono wychodzić z domów i zapewniono im żywność. Fryzjerom powiedziano, aby nie ścinali włosów zarażonych osób ani ich bliskich. Kiedy choroba rozprzestrzeniła się na wieś, cała wyspa została uznana za zakażoną i podjęto środki międzynarodowej kwarantanny.

Niektórzy kwestionowali przyczynę choroby, a lekarz Giuseppe del Cosso upierał się, że nie była to dżuma, ale złośliwa „pricking disease”. Wielu z zarażonych prowadziło swoje codzienne życie jak zwykle i uważa się, że jest to czynnik, który spowodował tak wysoką liczbę ofiar śmiertelnych. Dopiero po tym, jak różni lekarze europejscy wyrazili swoje opinie, że jest to dżuma, wprowadzono ścisłe środki ograniczające, ale wtedy było już za późno. Ludziom zabroniono gromadzić się w kościołach i hotelach oraz w miejscach publicznych na świeżym powietrzu, budowano barykady i ponownie rozbudowywano szpitale izolacyjne.