Flota Zakonu była zakotwiczana w nocy na otwartym morzu, a w Marsamxett zbudowano tymczasowe zakwaterowanie dla pacjentów. Zmarłych chowano w masowych grobach w wyznaczonych miejscach.
W dniu 27 kwietnia wielki mistrz Cotoner i Rada Zakonu poprosili zagranicę o pomoc w walce z epidemią. W ciągu miesiąca chirurdzy i lekarze z Neapolu i Marsylii przybyli na Maltę jako wolontariusze lub na podstawie płatnych kontraktów. Potwierdzone i podejrzane przypadki w forcie św. Elma zostały przekazane do Isolotto, a 25 maja ogłoszono godzinę policyjną. Domy zostały zdezynfekowane przez „profumatori”.
Wielki mistrz Cotoner obiecał wsparcie dla ofiar choroby i rozdawał jałmużnę potrzebującym. Odwiedzał także obszary miejskie i wiejskie dotknięte zarazą.
Do połowy kwietnia „Capitano della Verga” z Mdiny zamknął miasto, co skutecznie zapobiegło przedostaniu się epidemii do jego mieszkańców. Odradzano podróż na Gozo, aby choroba i tam się nie rozprzestrzeniła.