Niektóre źródła podają wyższą liczbę ofiar śmiertelnych, odpowiednio 4000, 2000, 1800 i 1500 w tych czterech miastach.
W osadach wiejskich zginęło około 2000 z około 29 000 osób, czyli 6,9% populacji (jedno źródło podaje liczbę ofiar śmiertelnych wynoszącą zaledwie 200). Obejmuje to 309 zgonów w Qormi, 270 w Żabbar, 169 w Żebbuġ i 88 w Rabacie.
Wśród zmarłych duchownych był m.in. Kawaler Wielkiego Krzyża, 8 innych rycerzy, 10 księży parafialnych, 1 kanonik, 95 innych księży i 34 zakonników. W wyniku zarazy zmarło również 10 lekarzy, 16 chirurgów i ponad 1000 pracowników szpitala.
Cmentarze thumb|left|Kaplica Santa Luċija tal-Barrani w Għaxaq, znajduje się na miejscu cmentarza ofiar zarazy. Cmentarz został zniwelowany, gdy w XX wieku poszerzano drogę dla ruchu samochodowego. thumb|Kościół św. Katalda w Rabacie był używany do pochówku ofiar dżumy. Z tego powodu nazwano go „chiesa infetta”. Podczas epidemii zmarłych nie chowano w kościołach, co było wówczas powszechną praktyką. Pochówki odbywały się w różnych miejscach, szczególnie na specjalnie założonych cmentarzach poza murami miast, wokół fortyfikacji lub opuszczonych kościołów. Ofiary z Valletty zostały pochowane na cmentarzu na Isolotto (obecnie znanej jako Wyspa Manoela), natomiast mieszkańcy Bormli i Isli zostali pochowani na cmentarzach poza miejskimi fortyfikacjami.