Handlu zaprzestano natychmiast po zidentyfikowaniu epidemii jako dżumy. W dniu 5 maja zamknięto budynki publiczne, w tym sądy i teatr. Miejskie osiedla na terenie portu: Valletta i jej przedmieście Floriana, oraz Three Cities Birgu, Cospicua i Senglea zostały poddane obserwacji medycznej. Bezpośredni i pośredni kontakt między ludźmi był odradzany, szczególnie na targach. W dniu 7 maja zakazano jakiejkolwiek komunikacji między statkami a brzegiem, a 9 maja biskup Ferdinando Mattei nakazał zamknięcie wszystkich kościołów. Rząd opublikował opis zarazy z 1743 w Mesynie, aby poinformować opinię publiczną o konsekwencjach wybuchu epidemii.
thumb|left|sir Hildebrand Oakes, cywilny komisarz Malty do października 1813 W dniu 17 maja komisarz cywilny sir Hildebrand Oakes nakazał, aby każdy podejrzany przypadek był zgłaszany Radzie Zdrowia, a każdy, kto ukrywa istnienie choroby, będzie podlegał karze śmierci. Po raz pierwszy wyrok został wykonany na Anthonym Borgu, który ukrywał przed władzami, że jest zarażony, i 17 sierpnia został publicznie stracony przez pluton egzekucyjny w Valletcie. Domy osób zarażonych zostały zamknięte, ale początkowo nie podjęto żadnych prób oczyszczenia ich. Niektóre zarażone zwierzęta z tych budynków mogły uciec i przyczynić się do rozprzestrzeniania się zarazy.