Merle Jääger zagrała także w wielu rolach telewizyjnych. Pierwszą była rola Hildy w dwuczęściowym dramacie Soo w Eesti Televisioon (ETV) z 1992 roku, opartym na powieści z 1914 roku pod tym samym tytułem Oskara Lutsa. W 2009 roku zagrała Miię w sześciu odcinkach serialu kryminalnego Kanal 2 Kelgukoerad. Wystąpiła także w kilku innych estońskich seriach telewizyjnych w tym w: Kättemaksukontor (2013), Padjaklubi (2014) oraz Viimane võmm i Restart (2015).
W 1988 roku Jääger zadebiutowała w filmie krótkometrażowym Noid w reżyserii Elo Tusta na podstawie scenariusza Mati Unta. W 2005 roku zagrała w filmie pełnometrażowym Lembalę, żonę XIII-wiecznego wodza Estonii Lembitu (w tej roli Ain Mäeots) w komedii historycznej Malev wyreżyserowanej przez Kaarena Kaera, a w 2007 roku nauczycielkę historii w filmie Nasza Klasa w reżyserii Ilmara Raaga. Film ten zdobył kilka międzynarodowych nagród i był estońskim kandydatem w kategorii najlepszego filmu nieanglojęzycznego podczas 80. ceremonii wręczenia Oscarów. W 2007 roku zagrała matkę w dramacie Magnus w reżyserii Kadri Kõusaar. W 2011 roku zagrała w wyreżyserowanym przez Marta Kivastika dramacie Üks mu sõber. Wystąpiła też w filmach: Õnn tuleb magades (2016), Rohelised kassid (2017) i Klassikokkutulek 2: Pulmad ja matused będącym kontynuacją komedii Klassikokkutulek z 2016 roku.