Systematyka w obrębie podgatunków jest sporna. Część populacji biegusa skalnego wydzielana bywała do osobnych gatunków, lecz częściej łączono biegusy skalne i morskie (C. maritima) w jeden gatunek (na przykład Gawriłow : Calidris maritima couesi z synonimami C. m. quarta, C. m. kurilensis i C. m. tschuktschorum). Zwykle biegusa skalnego włączali do innego gatunku radzieccy ornitolodzy, a wydzielali amerykańscy.
Filogeneza Według wyników uzyskanych przez Jetz et al. (2012) w bardzo obszernym badaniu obejmującym 9993 gatunki ptaków biegus morski i biegus skalny to gatunki siostrzane, które razem są grupą siostrzaną wobec biegusa zmiennego (Calidris alpina):
Podobnie pozycję C. ptilocnemis w obrębie kladu przedstawiają Gibson & Baker (2012), którzy do stworzenia drzewa filogenetycznego części siewkowców (fragment poniżej) wykorzystali analizę sekwencji 5 genów: RAG1, cytochromu b, 12S rRNA, ND2 i COI. Różni się jedynie pozycja tego kladu w całym rodzaju Calidris: