Struktura organizacyjna Centrum Doradztwa Rolniczego Rozporządzeniem Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z 2005Zarządzenie nr 1 Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 4 stycznia 2005 r. w sprawie nadania statutu Centrum Doradztwa Rolniczego w Brwinowie. nadano Centrum statut. Według statutu Centrum Doradztwa kieruje dyrektor przy pomocy jednego lub dwóch zastępców dyrektora, głównego księgowego, kierowników komórek organizacyjnych oraz kierowników oddziałów.
Rozporządzeniem Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z 2008Zarządzenie nr 27 Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 31 października 2008 r. w sprawie nadania statutu Centrum Doradztwa Rolniczego w Brwinowie. obok powołania nowych komórek organizacyjnych, zmieniono nazwę osobom pełniących funkcje kierownicze z kierowników oddziałów na dyrektorów oddziałów. Rozporządzeniem Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z 2017Zarządzenie nr 83 Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi z dnia 15 grudnia 2017 r. zmieniające zarządzenie w sprawie nadania statutu Centrum Doradztwa Rolniczego w Brwinowie.