Wydaje się również, że zakonnicy byli odpowiedzialni za odprawianie w każdą niedzielę nabożeństw w kaplicy Buskett.
Chociaż w testamencie Donny Margarity nie ma wzmianki o żadnym klasztorze, jako o budynku, przy kościele musiały znajdować się jakieś pomieszczenia, w których zakonnicy mający pełnić służbę w kościele mogli zamieszkać. Starożytne pisma podają, że karmelici zbudowali klasztor w 1517. W protokole z kapituły z 1546 znajduje się informacja, że zakonnicy musieli zbudować lepszy klasztor, niż mieli, gdyż nie zawierał on ani refektarza, ani cel. Wydaje się, że po raz pierwszy wspomniano o istnieniu właściwego klasztoru, w którym znajdował się refektarz, a każdy kapłan miał swoją celę, w 1612. Klasztor wydaje się być w pełni ukończony w 1646, zaledwie kilkanaście lat przed jego opuszczeniem w 1659, kiedy zakonnicy przenieśli się do nowego klasztoru w Mdinie.
Przebudowy i remonty
Wiadomo, że przez pewien czas kościół był większy, niż jest dzisiaj – w rzeczywistości sięgał do końca placu, który dziś znajduje się przed nim. Świadczą o tym łuki na ścianach oskrzydlających, które kiedyś znajdowały się wewnątrz kościoła i zawierały nisze z ołtarzami.