Wiadomo też, że łuki wokół ołtarzy powstały już po wybudowaniu kościoła, ponieważ za nimi nadal znajdują się malowidła.

Oznacza to, że były co najmniej trzy momenty, w których kościół przechodził zmiany konstrukcyjne: najpierw, gdy został zbudowany z gładkimi ścianami, potem, gdy wykonano łuki wokół ołtarzy, które już istniały, a w końcu „skurczył się” od frontu (a dwa łuki pozostały na zewnątrz) i od tyłu (wydzielona została zakrystia), a ściany ponownie wygładzono.

Chociaż w 1659 kościół wraz z klasztorem został opuszczony, ponieważ zakonnicy wybudowali nowy klasztor w Mdinie, to jednak od czasu do czasu w razie potrzeby kontynuowano prace remontowe. Pierwsza wzmianka o tym pochodzi z 1672, kiedy wybudowano mur po prawej stronie kościoła, ponieważ zapadał się dach. Na początku XVIII wieku mnisi wykonali trzy napisy ostrzegające, że każdy, kto wyrzuci śmieci do opuszczonego kościoła, zostanie ukarany grzywną. W 1713 kościół był tak zniszczony, że niemal trzeba go było odbudować. Od tego czasu kościół posiadał tylko jeden ołtarz poświęcony Zwiastowaniu Maryi. W tym czasie powrócił na miejsce tytularny obraz Zwiastowania.

W 1844 ponownie dokonano generalnego remontu.