Stanisława Biskupa rozpoczęto w 1636 roku, natomiast nie jest znana data jego ukończenia. Konsekracja kościoła odbyła się w 1647 roku, dokonał jej bp sufragan łucki Mikołaj Krasicki. W roku 1638 rezydencja jezuitów została podniesiona do rangi kolegium. Pierwszym jej rektorem został o. Andrzej Wołłowicz, który wprowadził kurs retoryki do programu nauczania kolegium. W roku 1646 rektor Szymon Ugniewski utworzył kurs filozofii.
Lata 1648–1667 Rozwój kolegium został zatrzymany przez wybuch powstania Chmielnickiego w roku 1648. Stanowiło to bezpośrednie zagrożenie dla Pińska. W wyniku działań wojennych zostało zniszczone prawie całe miasto, w tym kościół oraz kolegium jezuickie. Po ugodzie w Białej Cerkwi w 1651 roku i zaprzestaniu działań wojennych jezuici pińscy mogli skupić się na odbudowie zniszczonych budowli. Albrycht Stanisław Radziwiłł wsparł finansowo odbudowę kolegium i kościoła. W roku 1655 wskutek działań wojennych ponownie zostały zniszczone dobra jezuickie w Pińsku. Dwa lata później w roku 1657 męczeńską śmierć ponieśli jezuici wysłani na misję przez rektora o. Andrzeja Wołłowicza. Ojciec Szymon Maffon został zamordowany w Horodku 15 maja, natomiast św. Andrzej Bobola w Janowie 16 maja. Obydwaj zginęli z rąk Kozaków. W roku 1657 jezuici ponownie rozpoczęli działalność w Pińsku.