Po rewolucji październikowej, w 1918 r. zabudowania domu biskupiego zostały zajęte przez zbrojne oddziały Czeka. Jeszcze w 1920 r. grupa wiernych, reprezentowana przez archimandrytę Atanazego (Sacharowa), zdołała uzyskać u władz radzieckich zgodę na dalsze sprawowanie kultu prawosławnego w klasztornym soborze Narodzenia Matki Bożej oraz w cerkwi Wszystkich Świętych i dwóch kaplicach przy ulicy Borisoglebskiej. Jednak jeszcze w tym samym roku władze przekazały cały kompleks budynków wojskom Czeka. Od 1922 r. dawny monaster stał się siedzibą obwodowego OGPU. W 1930 r. sobór Narodzenia Matki Bożej i wolnostojąca dzwonnica zostały zburzone. Lokalne organy GPU, a następnie NKWD i KGB mieściły się w zabudowaniach poklasztornych aż do upadku ZSRR. W latach 30. i 40. XX w. na terenie monasteru były przeprowadzane egzekucje.
Rosyjski Kościół Prawosławny odzyskał obiekt w 1993 r. Zdecydowano wtedy również o restytucji męskiej wspólnoty mniszej, którą kierował początkowo archimandryta Justynian (Sagan), a od 2001 r. archimandryta Nil (Syczow). Monaster ponownie stał się również siedzibą ordynariusza eparchii włodzimierskiej, zarządu eparchii i seminarium duchownego. W latach 1999–2004 r.