10 czerwca 1940 roku, w momencie ataku Włoch na Francję, okręt nadal znajdował się w składzie 31 eskadry okrętów podwodnych 3. Flotylli w Mesynie (wraz z siostrzanymi „Marcantonio Colonna”, „Giovanni Bausan” i „Des Geneys”). Dowództwo jednostki sprawował kmdr ppor. (wł. capitano di corvetta) Bruno Zelick. Od 19 czerwca do 2 lipca „Vettor Pisani”, „Pier Capponi” i „Giovanni da Procida” patrolowały wody Cieśniny Sycylijskiej. W pierwszej połowie lipca „Vettor Pisani”, „Pier Capponi”, „”, i „” operowały na wodach nieopodal Malty. Pod koniec 1940 roku ze względu na zużycie „Vettor Pisani”, „Giovanni Bausan” i „Des Geneys” zostały przeniesione do Szkoły Okrętów Podwodnych w Poli.
W styczniu 1942 roku okręt wziął udział w zabezpieczeniu włoskiej operacji konwojowej, operując na wschód od Malty wraz z „”, , „”, „”, i . W sierpniu „Vettor Pisani”, , , i uczestniczyły w defensywnych patrolach na wodach włoskich.