Filogeneza Według autorów HBW przepiórka pstra tworzy nadgatunek z przepiórką indyjską (C. coromandelica). Stein et al. (2015) uwzględnili w badaniu 4 z 5 współcześnie żyjących przedstawicieli Coturnix, ale nie C. coromandelica. Według uzyskanych wyników te 4 gatunki tworzą dwie pary gatunków siostrzanych, natomiast przepiórka pstra jest gatunkiem siostrzanym wobec przepiórki rudogardłej (C.pectoralis). Ich linie rozwojowe rozeszły się około 5,4 mln lat temu – wcześniej niż drugiej pary gatunków siostrzanych, C. coturnix+C. japonica. Relację przepiórki pstrej z indyjską potwierdziły rezultaty badań Hosner et al. (2017). Stworzyli drzewo filogenetyczne rzędu grzebiących, którego fragment pod postacią uproszczonego kladogramu przedstawiono poniżej; drogi C. pectoralis i C. coromandelica+C. delegorguei rozdzieliły się około 7 mln lat temu, a przepiórek pstrych i indyjskich – ponad 4,5 mln lat temu: