Kilka tygodni później udzielił wywiadu, w którym oskarżył władze klubu o niewywiązanie się z kontraktu (chodziło o dodatkowe premie finansowe z transferów zawodników), a następnie wytoczył im proces o odszkodowanieGlas: Dajem im tri dana fore (Dostęp 23 kwietnia 2010).. thumb|left|340px|Matthäus jako selekcjoner reprezentacji Bułgarii, 2010

Już dzień po rezygnacji z pracy w Partizanie (14 grudnia 2003), ogłosił, że przyjął ofertę prowadzenia reprezentacji Węgier. Obowiązki objął na początku 2004 roku. Zadaniem Matthäusa był awans z drużyną, zajmującą wówczas 72. pozycję w rankingu FIFA (Dostęp 25 kwietnia 2011)., do Mundialu 2006. Rywalami Węgrów w grupie eliminacyjnej byli m.in. Chorwaci, Szwedzi i Bułgarzy. Jednak z żadnym z najsilniejszych rywali podopieczni Matthäusa nie wygrali, zanotowali jedynie jeden remis z Bułgarią;