W trakcie pierwszego nalotu na skutek trafienia w punkt mobilizacyjny batalionu,1 września w szkole przy ul. Warszawskiej poległo kilku saperów, w tym 1 oficer. 2 września utworzono 1 kompanię szkolną ośrodka. 3 września z uwagi na zapowiadaną ewakuację rozpoczęto ładowanie z magazynów uzbrojenie, umundurowanie i wyposażenie dla organizowanego ośrodka zapasowego. W skład sformowanego pociągu ewakuacyjnego weszło 45 wagonów KD, 20 wagonów PDK i 3 wagony osobowe, w których ewakuowano też rodziny wojskowych. Podczas kolejnych bombardowań miasta i koszar polegli następni saperzy. Nocą 3/4 września transport kolejowy liczący ok. 1200 saperów pod dowództwem ppłk. Wyporka wyjechał w kierunku Tarnowa. Natomiast 4 września wyruszył z Krakowa tabor samochodowy ośrodka w składzie kilkunastu pojazdów osobowych i ciężarowych pod dowództwem ppłk dypl. T. Wasilewskiego.
Ze względu na realne zagrożenie atakami lotniczymi linii kolejowych i poruszających się nimi transportów kolejowych, ruch odbywał się w godzinach nocnych, a za dnia transport był wyładowany do okolicznych lasów. 4 września transport dojechał rano do Woli Rzędzińskiej przed Tarnowem. Niemiecki nalot na stację uszkodził tory, które natychmiast naprawiono.