Tryby te, uporządkowane według rosnącego poziomu trudności, to: Primary Monkeys Only, Deflation, Military Monkeys Only, Reverse, Apopalypse, Magic Monkeys Only, Alternate Bloons Rounds, Double HP MOABs, Impoppable, Half Cash oraz CHIMPS.
Gracze mają możliwość tworzenia własnych wyzwań za pomocą edytora poziomów. Stworzone wyzwania można udostępniać innym użytkownikom za pośrednictwem przeglądarki wyzwań. Kilkukrotnie w ciągu roku organizowane są wydarzenia sezonowe, w których uczestnicy mogą zdobyć tzw. Insta Monkey – darmowe wieże, gotowe do natychmiastowego użycia w większości trybów.
Specjalnym trybem rozgrywki jest Odyssey, w którym gracz musi ukończyć serię map w określonej kolejności. Inną odmianą jest Race, oparta na standardowej rozgrywce, z tą różnicą, że gracz może ręcznie przyspieszać rozpoczęcie kolejnych fal, by ukończyć mapę w jak najkrótszym czasie.
W trybie Boss Bloon oprócz standardowych fal przeciwników pojawia się również sterowiec o dużym zapasie punktów życia, znany jako Bloonarius.
Waluty W grze występuje kilka rodzajów walut, które gracze mogą zdobywać i wykorzystywać do odblokowywania dodatkowych funkcji.
Monkey Money to podstawowa waluta, przyznawana m.in. za ukończenie poziomów.