Nathan Snow z The Spectrum zwrócił uwagę, że mimo atrakcyjnego początku gra z czasem może wydawać się powtarzalna, co wpisuje się w schemat wcześniejszych odsłon serii.
Kreskówkowa oprawa graficzna została pozytywnie oceniona za atrakcyjność dla szerokiego grona odbiorców, szczególnie dzięki połączeniu przystępnej formy z głęboką mechaniką rozgrywki. Recenzenci docenili również złożoność gry oraz rozwinięty system wież jako czynniki wpływające na sukces serii.
Model biznesowy zastosowany w Bloons TD 6 spotkał się z mieszanym odbiorem. Simon Hill z magazynu Wired uznał grę za przykład tytułu premium, który uzasadnia swoją cenę, a jednocześnie oferuje szereg mikrotransakcji – od kosmetycznych dodatków po usprawnienia rozgrywki i dostęp do wydarzeń specjalnych. Chwalił przy tym balans między powtarzalnością a strategiczną głębią, wynikający z progresywnego rozwoju i mechaniki wieżowej obrony. Zwrócił również uwagę na brak reklam zewnętrznych, co odróżnia grę od typowych przedstawicieli modelu freemium. Niektórzy recenzenci krytykowali grę za nadmiar treści oraz połączenie elementów typowych dla gier premium i darmowych, co może wprowadzać nieczytelność modelu monetyzacyjnego.