Po wzbudzeniu jony mają energię będącą sumą energii termicznej jonów w momencie ich wytworzenia oraz energii pobudzania. Prędkość jonu wynikająca z temperatury początkowej jonów ma kierunek i wartość przypadkową, podczas gdy prędkość uzyskana przez wszystkie jony o tej samej masie znajdujące się w jednym pakiecie jest jednakowa. Pomijając energię termiczną, grupa jonów tworząca pakiet krąży w analizatorze jako pakiet.
Przyspieszony jon może pozostać w analizatorze i będzie wykrywany w fazie detekcji, jeżeli uzyska zbyt dużą energię opuści analizator. Przestrzeń analizatorów nie jest idealną próżnią, a wręcz czasami jest celowo wypełniany atomami gazu. Jony zderzają się z atomami zmieniając swą energię, taki jon może opuścić pakiet i nie będzie rozpoznawany jako jon o danym stosunku m/z.
Detekcja jonów Podstawowym sposobem detekcji jonów w analizatorach masy ICR jest indukowanie się obrazu ładunku w elektrodach detekcyjnych. W układzie detekcyjnym wykonanym z dwóch równoległych płyt, ładunek jonu indukuje ładunek:
Poruszanie się jonu między płytami wywołuje w układzie detekcyjnym prąd o natężeniu: