Obecnie (2021) Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny (IOC) umieszcza ostrygojada krótkodziobego w rodzaju Haematopus jako odrębny gatunek, tak jak i inne autorytety. Wyniki badań genetycznych opublikowane w 2007 potwierdziły odrębność gatunkową zarówno ostrygojada krótkodziobego, jak i ostrygojada nowozelandzkiego (Haematopus finschi). Obejmowały one dość krótkie sekwencje z czterech regionów mtDNA, były to jednak badania wstępne. Ponad dekadę później (2019) rezultaty analiz z użyciem barkodów DNA wykazały, że wybrany jako barkod fragment genu COI nie pozwala na identyfikację tych trzech wymienionych taksonów co do gatunku. Dystans genetyczny był jednak największy dla sekwencji ostrygojadów krótkodziobych.
Na Wyspie Północnej i Południowej występują dwa gatunki ostrygojadów: ostrygojad zmienny (H. unicolor) na obydwu i ostrygojad nowozelandzki (H. finschi) na Południowej. Izolacja genetyczna między ich populacjami utrzymuje się dzięki międzygatunkowym różnicom w preferencjach środowiskowych, zajmowanych niszach ekologicznych, wymaganiach pokarmowych, biologii lęgowej i systemowi kojarzenia. Ostrygojad krótkodzioby ma cechy pośrednie między nimi. Pod względem pory lęgowej, głosów, niektórych zachowań społecznych i budowy jaj przypomina ostrygojada nowozelandzkiego.