W latach 60. XX w. znaczące szkody wśród makrofitów i w podłożu poczyniło bagrowanie wykonywane w celu pozyskania makroglonów. W tym czasie rozpoczął się znaczący dopływ ścieków komunalnych z lądu, a w latach 70. także spływów ścieków z coraz intensywniejszego rolnictwa. Od lat 70. nastąpił również wzrost wydobycia piasku. Te presje zmniejszyły się na przełomie lat 80. i 90. W okresie 1975–2000 wykonywano intensywne prace z zakresu ochrony brzegów morskich, co zniszczyło siedliska przybrzeżne. W ich ramach, w celu umocnienia odmorskiej części Mierzei Helskiej, w latach 1989–1996 wybrano piasek w pięciu miejscach, w których powstały jamy porefulacyjne. Po 2000 nastąpił wzrost presji turystycznej. W ramach urządzania infrastruktury rekreacyjnej następuje niszczenie naturalnej roślinności szuwarowej i dosypywane są sztuczne plaże.
Duże zmiany w biocenozach nastąpiły w połowie lat 70. Wówczas na skutek eutrofizacji rozwinęły się glony nitkowate, zwłaszcza z rodziny Ectocarpaceae. Ich maty, zacieniając dno, utrudniają rozwój innych glonów i roślin, a także rozwój ikry. Spowodowało to zmniejszenie populacji zostery i lokalne wyginięcie morszczynu pęcherzykowatego i widlika zaostrzonego. Na początku XXI w.