W 1274 mnisi z Athos weszli w otwarty konflikt z cesarzem Michałem VIII Paleologiem, który podpisał unię lyońską między Kościołami katolickim i prawosławnym. Jedynie monastery Wielka Ławra i Kseropotamu na pewien czas wyraziły poparcie dla cesarza, z czego zresztą ostatecznie się wycofały. Pozostałe klasztory od początku protestowały przeciwko decyzji władcy. Według tradycji ustnej przekazywanej na Athos, w odwecie wojska bizantyjskie dokonały najazdu na klasztory Zografu, Iwiron i Watopedi, zabijając co najmniej 26 mnichów. K. Kokkas uważa jednak, że planowych represji wobec Athos nie było, zaś grabieże klasztoru były efektem niesubordynacji niektórych oddziałów. Znacznie bardziej tragiczne okazały się dla klasztorów napady zbuntowanych najemników katalońskich, którzy wystąpili z opłacającej ich armii bizantyjskiej w 1305, zaś od 1307 do 1309 przeprowadzili szereg ataków o charakterze łupieżczym na monastery Athos. Efektem było całkowite zniszczenie szeregu wspólnot oraz masowy rabunek tych, które przetrwały. Częściowa odbudowa świetności Athos była możliwa dzięki wsparciu cesarza Andronika II, który opłacił renowację wielu zniszczonych monasterów.