Do tej służby statek został przemalowany w barwy ochronne ogólnie koloru szarego.

Na początku 1942 roku w Bostonie po kolejnej przebudowie umożliwiono przewożenie 8500 żołnierzy. W rozpoczętym 5 maja 1943 roku rejsie „Queen Mary” przewiozła na swoich pokładach 16 683 ludzi (w tym załoga 943 osoby), co wciąż pozostaje rekordem świata. Samo eskortowanie ogromnych statków pasażerskich stanowiło duże niebezpieczeństwo, o czym przekonał się kmdr Boutwood, dowódca lekkiego krążownika „HMS Curacoa”, zatopionego przez „Queen Mary” podczas kolizji 2 października 1942 roku w pobliżu wybrzeży brytyjskich. W katastrofie zginęło 338 członków załogi krążownika. W osłonie obu wielkich liniowców pływały również polskie okręty, w tym niszczyciele „Błyskawica” i „Piorun”. Ta pierwsza uczestniczyła w operacji eskortowania statku, podczas której doszło do kolizji z krążownikiem.