Ten i inne spośród jego traktatów religijnych, jak A Short Rule of Good Life (Krótka reguła dobrego życia), Triumphs over Death (Tryumfy nad śmiercią), Mary Magdalen's Tears (Łzy Marii Magdaleny) i Humble Supplication to Queen Elizabeth (Uniżona suplika do królowej Elżbiety) szeroko kursowały w manuskryptach, niosąc katolikom pocieszenie w czasie prześladowań. Znalazły uznanie także poza kręgami katolickimi, czego dowodzi naśladowanie Mary Magdalen's Tears w Christ's Tears over Jerusalem (Łzy Chrystusa nad Jeruzalem) Thomasa Nasha.
Po sześciu latach pełnej sukcesów pracy aresztowano Southwella, który miał zwyczaj odwiedzać dom Richarda Bellamy’ego koło Harrow, podejrzanego o związki z Jerome’em Bellamym, skazanego na śmierć za współudział w spisku Anthony’ego Babingtona. Jedna z jego córek, Anne Bellamy, aresztowana i uwięziona w Holborn, wydała poczynania Southwella Richardowi Topcliffe’owi, który natychmiast go aresztował.
Southwell został uwięziony w domu Topcliffe'a podczas odprawiania mszy. Był tam poddawany torturom w próżnej nadziei, że da się z niego wyciągnąć jakieś dowody przeciw innym księżom. Przeniesiono go do więzienia w Westminsterze, gdzie był bardzo źle traktowany.