Przeniesiono go następnie do więzienia w londyńskim Tower, jednak aż do lutego 1595 nie odbyły się żadne rozprawy.
Nie ma większych wątpliwości, że dużą część swojej poezji (która nie została opublikowana za jego życia) napisał w więzieniu. 20 lutego 1595 odbył się jego proces przed sądem King’s Bench, gdzie przedstawiono mu zarzut zdrady stanu. Następnego dnia został powieszony w Tyburn. Jeszcze przed powieszeniem wypierał się jakichkolwiek złych zamiarów wobec królowej i państwa.
Twórczość W 1602 ukazał się tomik St. Peter's Complaint, with Other Poems. Najbardziej znanym wierszem poety jest Burning Babe. Na język polski utwór ten przetłumaczył Stanisław Barańczak. Liryka Southwella charakteryzuje się kunsztem wersyfikacyjnym. Poeta stosuje klasyczne strofy i aliterację, jak w tytule Lewd Love is Loss, lub w poniższej zwrotce.
Like solest swan, that swims in silent deep, And never sings but obsequies of death, Sigh out thy plaints, and sole in secret weep, In suing pardon spend thy perjur’d breath;