Centrum prowadziło szkolenia kadr dla wojsk kolejowych, podchorążych rezerwy saperów, oficerów i podoficerów zawodowych piechoty i kawalerii oraz dowódców szwadronów i plutonów pionierów w zakresie inżynieryjnego zabezpieczenia pola walki.
Po wybuchu wojny obronnej 1939, na bazie Centrum w alarmie sformowany 60 Batalion Saperów pod dowództwem majora Franciszka Niepokólczyckiego dla Armii „Modlin”, a także plmost. 4-tonowy, Szefostwo Fortyfikacji „Modlin”, dwa Dowództwa Grup Fortyfikacyjnych dla armii „Modlin” i jedno dla armii „Pomorze” i kompanię wartowniczą. Pododdziały te walczyły do końca września 1939 W I rzucie mobilizacji powszechnej sformowano Obóz Rozdzielczy Jeńców.
Z pozostałej kadry Centrum zorganizowano zbiorczy batalion w składzie trzech kompanii oraz pododdziałów zabezpieczających, na czele którego stanął mjr Wacław Plewako. Ewakuował się on z Modlina na wschód. Miał on przejść do rejonu Sarn na Wołyniu, gdzie planowano nadal szkolić posiadane stany osobowe.
Z batalionu wydzieliła się grupa składająca się z 25 oficerów, 50 podoficerów, taboru kolejowego i samochodowego wraz z rodzinami wojskowych, którą dowodził Komendant CWSap. płk Eustachy Górczyński. Udała się ona na rekonesans, docierając na południe od Kowla.