Jednak po 17 września kontakt z nią urwał się.
W tej sytuacji reszta batalionu wycofała się w kierunku na Chełm, a później na południe w rejon Fajsławic. Wobec zacieśniającego się okrążenia niemieckiego i sowieckiego, mjr W. Plewako postanowił przedostać na Węgry. W rejonie lasów koło Janowa Lubelskiego batalion zbiorczy CWSap. dołączył do resztek zgrupowania 33. Dywizji Piechoty Rezerwowej, dowodzonej przez płk dypl. Tadeusza Zieleniewskiego. Po szeregu zwycięskich potyczek z Niemcami, polskie oddziały dotarły do linii Sanu. Jednakże w wyniku poniesionych ciężkich strat oraz okrążenia przez Niemców i wojska sowieckie zgodnie z rozkazem płk. T. Zieleniewskiego 1 października 1939 wszystkie oddziały, w tym batalion CWSap., złożyły broń.
Struktura organizacyjna Centrum Do 1934 CWSap. podlegało bezpośrednio II wiceministrowi spraw wojskowych, a od 1935 Dowódcy Saperów Ministerstwa Spraw Wojskowych. Ogółem w okresie swojej działalności CWSap. liczyło ok. 45 oficerów, do 300 szeregowców oraz ok. 22 pracowników cywilnych. Komendantami CWSap. byli: płk. Maksymilian Hajkowicz (1929-1938) i płk Eustachy Górczyński (1938–1939).