Sezon 2002 zaczął od triumfu w Auckland (w finale z Francisco Clavetem) i był w ćwierćfinale Australian Open (w 4 rundzie pokonał Marata Safina, przegrał z Patrickiem Rafterem). W dalszej części sezonu zdobył deblowy tytuł w Taszkencie tworząc parę z Julienem Boutterem. W 2002 roku Hrbatý wypadł z najlepszej pięćdziesiątki rankingu. Poza pięćdziesiątką (ale nadal w czołowej setce) pozostawał również w 2003, osiągając finał turnieju w Auckland (porażka w finale z Gustavem Kuertenem).
Sezon 2004 był najlepszy w karierze Słowaka. Hrbatý wygrał 3 turnieje, był w jeszcze 1 finale. Dzięki kolejnemu dobremu początkowi sezonu (wygrane turniejowe w Adelaide – w finale z Michaëlem Llodrą i Auckland – z Rafaelem Nadalem). W lutym 2004 wygrał halowy turniej w Marsylii (w finale z Robinem Söderlingiem). W dalszej części sezonu był w finale w Casablance (przegrał z Santiagiem Venturą), i ćwierćfinale US Open. Na koniec roku Hrbatý uzyskał również finał debla w Petersburgu. W październiku sklasyfikowano go na najwyższym w karierze 12. miejscu w rankingu, a sezon zakończył dwie pozycje niżej.