Utrzymał miejsce w najlepszej dwudziestce tenisistów także w sezonie 2005, natomiast zakończył rok jako nr 20. w zestawieniu ATP World Tour, będąc jedynym graczem w dwudziestce, który w sezonie nie wygrał turnieju, ani nie był w finale. Był natomiast w ćwierćfinale Australian Open (pokonał m.in. Gastóna Gaudia i Thomasa Johanssona, przegrał z Maratem Safinem), 4 rundzie US Open. W październiku 2006 Słowak awansował do finału zawodów ATP Masters Series w Paryżu, eliminując wcześniej Tommy'ego Haasa. Uległ dopiero Nikołajowi Dawydience.
W 2005 roku doszedł wspólnie z reprezentacją Słowacji do finału Pucharu Davisa. Był liderem ekipy, która po raz pierwszy w historii startów w tych rozgrywkach awansowała do finału. Zdobywał punkty we wszystkich meczach kampanii, m.in. w 1 rundzie nad broniącymi trofeum Hiszpanami. Rok wcześniej walnie przyczynił się do odzyskania przez Słowację miejsca w grupie światowej Pucharu Davisa, zdobywając 2 punkty w meczu z Niemcami. Do końca swoich startów w rozgrywkach rozegrał 58 pojedynków (singiel i debel) z których w 33 zwyciężył. Hrbatý występował także w innych zespołach reprezentacyjnych– miał znaczący udział w zdobyciu przez Słowację drużynowego pucharu świata w roku 2000 (pokonał wówczas Haasa, Samprasa i Kafielnikowa) oraz Pucharu Hopmana w 2005 (wspólnie z Danielą Hantuchovą).