W 2006 roku Chorwat również dwukrotnie zwyciężał w deblu, najpierw w Pekinie, a potem w Mumbaju, grając w parze w obu turniejach z Maheshem Bhupathim.
W 2007 roku Ančić przez większą część sezonu leczył kontuzje. Ponadto zdiagnozowano u niego mononukleozę. W następnym roku Chorwat również zmagał się z urazami, jednak zdołał osiągnąć dwa finały. W lutym zagrał w finale w Marsylii po wyeliminowaniu m.in. Jo-Wilfrieda Tsongi, Robina Söderlinga i Markosa Pagdatisa; przegrał z Gilles'em Simonem. Drugi w sezonie finał z udziałem Chorwata miał miejsce w ’s-Hertogenbosch, w trakcie rozgrywania turnieju deblowego. Wspólnie z Jeffem Coetzeem wygrali decydujący o mistrzostwie mecz z Martinem Dammem i Leanderem Paesem.
W 2009 roku ponownie zmagał się z mononukleozą. Zdołał jednak w lutym dojść do finału w Zagrzebiu, gdzie w finale uległ swojemu rodakowi, Marinowi Čiliciowi. W całym roku Ančić rozegrał 20 meczów, z których 13 wygrał. W 2010 roku Chorwat próbował powrócić do formy startując w zawodach serii ITF Men's Circuit i ATP Challenger Tour, jednak przegrywał już w początkowych rundach.