W 1797 powrócił do Paryża i przedstawił Dyrektoriatowi raport sugerujący podbój Egiptu, co zaważyło na podjęciu decyzji o wyprawie gen. Bonaparte. Przyłączył się do niej w maju 1798 roku. Początkowo był szefem batalionu. Odznaczył się w szturmie Aleksandrii, oblężeniu Al-Arisz i Jafy, w bitwie pod Akką został ranny w głowę. 14 czerwca 1799 został dowódcą zaimprowizowanej brygady. Uczestniczył w bitwach o Heliopolis i Damiettę oraz w oblężeniu Kairu. Podczas ekspedycji prowadził pomiary kartograficzne. Zrobił kilka znaczących korekt na mapie Egiptu.
W latach 1798–1800 wstępnie rozpoznał teren i wykonał pierwsze pomiary dla poparcia idei budowy kanału przez Przesmyk Sueski, której stał się gorącym rzecznikiem. W związku z chorobą oczu opuścił w 1801 roku Egipt.
Powrócił do Francji i brał udział w fortyfikowaniu La Rochelle. Uczestniczył w kampanii pruskiej 1806 roku. W dniu 15 sierpnia 1806 roku został generałem brygady. W 1807 roku jako dowódca saperów brał udział w oblężeniu Grudziądza. W 1809 roku walczył pod Essling i Znojmem. W dniu 21 lipca 1809 roku został mianowany generałem dywizji, a w dniu 15 sierpnia 1809 został baronem Cesarstwa.