10 lipca 1940 roku został wywieziony przez NKWD do obozu w Kozielsku, do którego trafił trzy dni później. 2 lipca 1941 roku przeniesiono go do obozu w Griazowcu, z którego został zwolniony po podpisaniu układu Sikorski-Majski. 29 sierpnia 1941 roku odprawił w Griazowcu mszę świętą dla więźniów w obecności generałów Władysława Andersa i Zygmunta Bohusza-Szyszko. Następnie został mianowany kapelanem 5 Wileńskiej Dywizji Piechoty.
Od stycznia 1942 roku przebywał w Dżalalabadzie, a w sierpniu 1942 roku wraz z 5 Dywizją Piechoty został ewakuowany do Persji, a następnie do Chanakin. 2 września 1943 roku został mianowany proboszczem 7 Dywizji Piechoty. Od 1 listopada 1943 roku był kapelanem 4 Szpitala Wojennego. 13 lutego 1944 roku został mianowany szefem duszpasterstwa Dowództwa Jednostek Terytorialnych na Środkowym Wschodzie.