Córka Marii, Zofia, wynajdowała na dworcach kolejowych legionistów, dawała im paczki z ubraniami i wskazywała adres pensjonatu matki.
Wiosną 1919, podczas odprawy Komendy Naczelnej w pokoju Marii Pigłowskiej, do pensjonatu weszli agenci CzeKa, by dokonać rewizji. Pigłowska przekonała ich, że w zamkniętym na klucz pokoju ma dziecko chore na tyfus plamisty. Po szybkiej rewizji czekiści wyszli. Przy późniejszych przeszukaniach Pigłowska pokazywała zaświadczenie, które dostała podczas pierwszej rewizji, że niczego podejrzanego nie znaleziono. W końcu maja 1919 została skompromitowana. Czekiści znaleźli u jednego z aresztowanych adres jej pensjonatu. Komenda Naczelna III POW podjęła decyzję o likwidacji kwatery. Nie udało się wynieść wszystkich materiałów. Pigłowska sama, pod osłoną nocy, pozbywała się pozostałych dokumentów, ukrywając je w bezpiecznym miejscu.
Majątek Pigłowskiej zajęli bolszewicy. Jako skompromitowana dobrowolnie zgłosiła się na kurierkę. W czerwcu 1919 wraz z córkami przeszła przez front polsko-bolszewicki, dotarła z raportami do Warszawy, by następnie wrócić do Kijowa. W sierpniu 1920 ponownie przekroczyła front i dostała się do Warszawy. We wrześniu wyjechała do Fośni i stamtąd w chłopskim przebraniu trafiła do stolicy.