Pomimo iż rozpoznawalność zakażenia chlamydialnego w ostatnich latach znacznie wzrosła, to szacuje się, iż choroba ta występuje o wiele częściej niż jest diagnozowana. Wynika to z faktu, że bakterie te mogą przebywać w organizmie przez wiele lat w stanie uśpienia i nie dawać żadnych objawów chorobowych. W niektórych przypadkach objawy kliniczne wywołane przez Chlamydia trachomatis w znacznym stopniu przypominają zakażenie dwoinką rzeżączki. Dlatego prawidłowe rozpoznanie choroby jest bardzo trudne i w związku z tym rzadko stawiana jest trafna diagnoza. Nieleczone zakażenie może mieć bardzo poważne następstwa.
Podczas uaktywnienia się chlamydii i ich znacznego namnożenia czasami mogą pojawić się objawy kliniczne, które w wielu przypadkach są bardzo zbliżone do objawów występujących w innych jednostkach chorobowych. Najczęściej są to objawy ze strony układu moczowego takie jak częstomocz czy pieczenie i ból podczas oddawania moczu. U kobiet występuje często nasilona wydzielina z pochwy, która zwykle pojawia się 7-14 dni po kontakcie z bakterią Chlamydia. Inne objawy to krwawienie z pochwy i krwawienie po stosunku. Mogą również pojawiać się przewlekłe bóle miednicy małej, nawracające stany zapalne narządu rodnego, krwawienia międzymiesiączkowe, ból podczas stosunków płciowych czy też śluzowo-ropne upławy i inne.