U mężczyzn mogą pojawić się stany zapalne cewki moczowej oraz najądrzy. Ze względu na to, iż u kobiet chlamydia najczęściej umiejscawia się w nabłonku gruczołowym kanału szyjki macicy, przy dłuższym utrzymywaniu się infekcji może dojść do powstania nadżerki szyjki macicy oraz raka narządu rodnego. W niektórych przypadkach mogą pojawić się na szyjce macicy punktowe wybroczyny z niewielkimi ropniakami, co widoczne jest podczas badania ginekologicznego we wziernikach. Podejrzenie zakażenia chlamydią występuje również w przypadku kobiet z ropną wydzieliną z szyjki macicy oraz ze skłonnościami do krwawień szyjki. Bardzo często drobnoustroje te są także przyczyną zapalenia gruczołu Bartholina oraz błony śluzowej macicy (endometrium).
Zakażenie a ciąża Coraz częściej zakażenia chlamydiami są rozpoznawane podczas poszukiwania przyczyny niemożności zajścia w ciążę lub jej donoszenia. Poprzez przemieszczanie się zakażenia, chlamydia trachomatis może być powodem stanów zapalnych szyjki macicy, jak również górnego odcinka wewnętrznych narządów płciowych np. jajowodów czy jajników. Przenoszeniu zakażenia z dolnych do górnych odcinków narządu rodnego sprzyjają np. irygacje pochwy, częste stany zapalne pochwy i inne.