31 marca 1924 Prezydent RP Stanisław Wojciechowski na wniosek Ministra Spraw Wojskowych, gen. dyw. Władysława Sikorskiego awansował go na stopień generała brygady ze starszeństwem z 1 lipca 1923 i 9. lokatą w korpusie generałów.
17 sierpnia 1924 generał Sikorski powierzył mu pełnienie obowiązków szefa Departamentu IV Żeglugi Powietrznej Ministerstwa Spraw WojskowychDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 79 z 17 sierpnia 1924, s. 452.. Forsował wtedy kontrowersyjny plan szerokiej rozbudowy polskiego lotnictwa, w pierwszym etapie m.in. w oparciu o zakupy maszyn we Francji. Polska uzyskała wtedy dużą francuską pomoc finansową na zakup samolotów. Posunięcia te były wówczas bardzo krytykowane przez piłsudczyków, jako hamujące rozwój rodzimych konstrukcji lotniczych. Bliskim współpracownikiem Zagórskiego był gen. Władysław Sikorski.
Latem 1925 r. dowodził eskadrą sześciu samolotów (Potez XV i Breguet 19) lecących rajdem o charakterze sportowym i propagandowym, trasą blisko 5 tys. km do Hiszpanii i Portugalii po drodze odwiedzając też Francję, Wielką Brytanię, Jugosławię i Czechosłowację, na zaproszenie tamtejszych sztabów i organizacji lotniczychPolska Zbrojna, nr 190, 25 lipca 1925.Polska Zbrojna, nr 176 28 czerwca 1925, s.8..