przekształcał oddziały rewolucyjnej gwardii i oddziały partyzanckie w wojska regularne.
W marcu 1918 r. powierzono mu stanowisko szefa sztabu syberyjskiego komisariatu wojskowego przy Centrosybirze (komitecie wykonawczym rad Syberii). Dowodził walką czerwonych przeciwko oddziałom atamana Grigorija Siemionowa i atamana Dutowa. Po buncie Korpusu Czechosłowackiego wszedł do naczelnego dowództwa wszystkich sił probolszewickich na Syberii. W sierpniu 1918 r., gdy bolszewicy stracili kontrolę nad praktycznie całą Syberią, syberyjski komitet partii bolszewickiej powierzył Taubemu udanie się do Moskwy, by zdać Leninowi relację z sytuacji na Syberii. Jednak 2 września 1918 r. Taube został rozpoznany i wzięty do niewoli przez białych. Odmówił publicznego wyrzeczenia się bolszewizmu, chociaż proponowano mu wysokie stanowiska w formujących się oddziałach białych tworzonych przez adm. Aleksandra Kołczaka. Odmówił także podjęcia współpracy z Korpusem Czechosłowackim, którą proponował mu jeden z jego dowódców gen. Radola Gajda.