27 września 1941 roku został aresztowany przez Niemców. Przesłuchiwany był w pałacu Petschków, siedzibie praskiego Gestapo. Przetrzymywano go w więzieniu Pankrác, gdzie spotkał się z Miladą Horákovą oraz kontaktował się z Aloisem Eliášem. W grudniu 1941 roku Karl Hermann Frank poinformował Háchę, że Havelka ma stanąć przed sądem wojskowym. 22 grudnia 1941 roku został zwolniony z więzienia na skutek interwencji prezydenta Háchy i umieszczony w areszcie domowym, w którym przebywał do końca wojny. Nadzór nad Havelką sprawowali czescy policjanci, którzy nie stosowali się do rozkazów i ułatwiali Havelce przebywanie w areszcie domowym. W 1943 roku odszedł z pracy w Najwyższym Sądzie Administracyjnym i przeszedł na emeryturę. Otrzymywał pomoc finansową od Dominika Čipery i innych znajomych, część pomocy przekazywał Josefowi Lengsfeldowi, znajomemu Żydowi, który ukrywał się przed Niemcami. Na początku maja 1945 roku brał udział w budowaniu barykad podczas powstania praskiego.