15 maja 1945 roku został aresztowany przez policję czechosłowacką i ponownie osadzony w więzieniu Pankrác, gdzie przebywał dwa lata. W więzieniu spotkał się z Jaroslavem Krejčím, Josefem Kalfusem, Janem Syrovým, Jindřichem Kamenickim, Adolfem Hrubým i Richardem Bienertem W 1947 roku został oskarżony o kolaborację i 30 stycznia rozpoczął się jego proces, w którym był sądzony razem z Rudolfem Beranem, Janem Syrovým, Otakarem Fischerem i Josefem Černým. Oskarżycielem był prokurator František Grospič, zastępcą Josef Urválek, a obrońcą Havelki był Kamill Resler, wcześniejszy obrońca Karla Hermanna Franka. Na korzyść Havelki zeznawali byli ministrowie i współpracownicy, a także przesłuchujący go w 1941 roku oficer Gestapo, Friedrich Dennert. 21 kwietnia 1947 roku jednomyślnie został uniewinniony przez sąd z zarzutu kolaboracji, uznano go jednak winnym wygłaszania i pisania proniemieckich przemówień. Groziło mu 10 lat więzienia, mimo to odstąpiono od ukarania go.