Dokowanie molekularne (ang. molecular docking) – metoda komputerowa pozwalająca na predykcję preferowanej pozycji ligandu po związaniu się z makromolekułą (np. białkiem) w jej miejscu wiążącym w celu utworzenia stabilnego kompleksu oraz interpretację występujących interakcji pomiędzy związanym ligandem a makrocząsteczką.
Zastosowanie Dokowanie molekularne jest najpopularniejszą metodą projektowania leków opartą na strukturze (SBDD, ang. structure-based drug design), czyli wtedy gdy znana jest dokładna struktura 3D celu molekularnego. Popularność przyniósł ogromny wzrost mocy obliczeniowej komputerów, który pozwolił na badanie powinowactwa (ang. affinity) wielu ligandów w krótkim czasie.
Głównym celem dokowania molekularnego jest określenie najlepszej pozycji ligandu względem makromolekuły pod kątem strukturalnym, ale również energetycznym. Obliczenia pozwalające na wybranie odpowiedniego ułożenia cząsteczki ligandu opierają się najczęściej o algorytmy komputerowe, które poprzez stopniową modyfikację cząsteczki potrafią dobrać najkorzystniejsze jej ułożenie. Wymienić tu można dla przykładu algorytmy stochastyczne – algorytm genetyczny (GA) oraz algorytm Monte Carlo (MC);