czy też algorytm konstrukcji przyrostowej (IC, ang. incremental construction) oparty na fragmentacji ligandu i dokowaniu tych fragmentów do białka. Natomiast dopasowanie energetyczne, czyli przewidywana siła powinowactwa ligandu do białka, oszacowywana jest przy pomocy funkcji punktujących (ang. scoring function). Funkcje te można podzielić na 4 podstawowe typy: funkcje oparte na polach siłowych, funkcje empiryczne, funkcje oparte na wiedzy oraz funkcje oparte na uczeniu maszynowym.
Typy dokowanie molekulanego Wyróżnić można dwa typy dokowania: mała cząsteczka – makrocząsteczka – mała cząsteczka nazywana jest ligandem i najczęściej jest nią substancja endogenna lub egzogenna (np. lek) o małej masie molekularnej. Natomiast makrocząsteczką może być białko (enzym, receptor), peptyd, kwas nukleinowy (DNA, RNA) lub inny biopolimer. makrocząsteczka – makrocząsteczka – tutaj najczęściej dokonuje się dokowania typu białko-białko lub peptyd-białko.
mały|Wykres przedstawiający ogólny zarys metod stosowanych w komputerowym wspomaganiu projektowania leków