grid box), które określa przestrzeń w jakiej ligand ma być zadokowany, a co za tym idzie zaznacza się, które dokładnie aminokwasy mają brać udział w wiązaniu się z ligandem. Wielkość takiej figury przestrzennej wyraża się w Angstremach (Å), natomiast położenie w przestrzeni zaznacza się w układzie Kartezjańskim. Wyznaczenie takiego miejsca wiążącego opiera się na:

danych literaturowych – w artykułach naukowych można znaleźć opis miejsca wiążącego w danym białku, najczęściej ma on charakter określenie, które aminokwasy pełnią kluczową rolę w oddziaływaniu z ligandem, strukturze krystalicznej kompleksu danego białka z innym ligandem – w tym przypadku określa się miejsce wiążące na podstawie struktury kompleksu innego np. leku związanego z białkiem dzięki znajomości jego współrzędnych Kartezjańskich.