Na konformację przestrzenną wpływają długości wiązań oraz kąty między poszczególnymi atomami w cząsteczce, których wielkość jest dostosowywana do znalezienia lokalnego minimum energetycznego cząsteczki. Do określenia ładunków cząstkowych używane są metody oparte na mechanice kwantowej np. DFT (ang. density functional theory) i podejściu ab initio lub też prostsze i mniej kosztowne czasowo metody oparte na wiedzy lub zestawie parametrów dla wybranych atomów lub ugrupowań. Ważną kwestią jest również odpowiednie uprotonowanie ligandu oraz dodanie brakujących ewentualnie atomów wodoru. Często również można określić liczbę wiązań rotacyjnych, które mają warunkować utworzenie ostatecznej konformacji.
Określenie miejsca wiążącego Kolejnym etapem jest określenie miejsca wiążącego ligand (ang. binding site). W białkach można wyróżnić miejsca katalityczne odpowiedzialne za działanie i funkcjonowanie danego białka. W celu np. inhibicji działania, ligand musi przyłączyć się w określone miejsce w białku, dlatego poprawne wyznaczenie tego miejsca jest istotne dla prawidłowego dokowania. Takie miejsce wiążące zaznacza się najczęściej wyimaginowaną sferą bądź też prostopadłościanem (ang.