Taka metoda dokowania przyjęła nazwę dokowania elastycznego (ang. docking with flexible residue). Pozwoliło to na dokładniejszą estymację powinowactwa ligandu to celu molekularnego.
Etapy dokowania molekularnego Podstawowym etapem jest przygotowanie struktur cząsteczek biorących udział w dokowaniu. Następnym jest określenie miejsca wiążącego ligand, potem wybranie odpowiedniego algorytmu modyfikującego struktury oraz odpowiedniej funkcji punktującej zapewniającej końcowy wynik obliczeń i symulacji. Wszystko to wykonuje się w programach komputerowych służących do dokowania molekularnego. mały|Etapy dokowania molekularnego
Przygotowanie makrocząsteczki, czyli celu molekularnego Celem molekularnym najczęściej będzie białko. Do dokowania molekularnego potrzebna jest jego struktura 3D. Znaleźć ją można w wielu bibliotekach białek, a najpopularniejszą jest PDB (Protein Data Bank). Struktury 3D białek otrzymywane są tam na drodze krystalografii rentgenowskiej lub NMR. Ważnymi parametrami opisującymi te białka są rozdzielczość wykonanej analizy struktury 3D, jak również rodzaj ligandów jakie są związane z danym białkiem, bowiem rodzaj ligandu wiążącego wpływa na ogólną konformację białka co może wpłynąć potem na analizę wyników dokowania molekularnego.