Natomiast rozdzielczość jest bardzo ważna przy określaniu dokładności estymacji pozycji ligandu po dokowaniu oraz parametru RMSD (ang. root main square deviation) przy kalibracji i walidacji metody dokowania.
Po odpowiednim wyborze struktury krystalicznej potrzebne jest jej przygotowanie do procesu dokowania. W zależności od tego jaki typ dokowania będzie przeprowadzany, dokonuje się odpowiednich modyfikacji. Przy standardowej procedurze podstawowymi czynnościami jest:
dodanie atomów wodoru do aminokwasów budujących białko – badania krystalografii rentgenowskiej oraz NMR pomijają te atomy i nie są one widoczne w strukturze, dodanie ładunków cząstkowych do poszczególnych aminokwasów – wykorzystywane są tutaj różne metody obliczeniowe np. Kollman lub Gasteiger, naprawienie lub uzupełnienie brakujących atomów w białku, usunięcie cząsteczek wody (inaczej procedura wygląda przy dokowaniu uwodnionym) – woda jest również obecna w strukturze krystalicznej i wykazuje wpływ na dokowanie oraz powinowactwo liganda do celu molekularnego. Jej usunięcie ma na celu zapewnienie większej swobody dopasowania ligandu w miejscu wiążącym, ale również zmniejszenie kosztu obliczeniowego. Niestety prowadzi to do mniej dokładnych oszacowań powinowactwa.